Потомственный дворянин. В 1874 году стал помощником библиотекаря Московского главного архива Министерства иностранных дел. В 1877-1902 годах — заведующий этой библиотекой. Был почетным и действительным членом во многих губернских статистических комитетах и архивных комиссиях. Занимался составлением историко-статистических описаний городов, сёл, монастырей, церквей.
Все его работы носят историко-статистический, археологический или библиографический характер. Благодаря ему до нас дошли очень многие интересные факты прошлого из истории различных населённых пунктов России. В 1903 году, в приложении к книге "Историко-статистическое описание города Коврова (Владимирской губернии) с уездом" он написал о себе:"Занимаюсь в течение двадцати девяти лет (с 1874 г.) составлением историко-статистических описаний: городов, сёл, монастырей и церквей в России, издал за означенный трудовой период жизни 128 описаний. Из них 58 книг и брошюр историко-статистического, археологического, библиографического характера". Современники неоднократно упрекали его в плагиате и компиляции опубликованных им произведений.
31 июля 1882 года «Псковские губернские ведомости» напечатали его «Краткий исторический обзор начала города Пскова, построение стен и башен», с приложением древней описи Пскова 1677 года. Затем вышел отдельный оттиск этого обзора. Вскоре, 16 октября, там же появилась его статья «Печати и гербы Псковской губернии», тоже изданная и отдельным оттиском.
В следующем году отдельного оттиска из «Псковских губернских ведомостей» за 15 января удостоился его «Сборник материалов для исторического и церковно-археологического описания Псковской губернии», в который вошли царские грамоты монастырям, списки литературы, в т. ч. по истории промышленности, почты… (Аналогичные сборники материалов и указатели источников Токмаков выпускал по Вятской, Пермской, Ярославской губерниям, по истории русской православной церкви, по истории промышленности и развития прикладных знаний в России…)
Оценив заслуги Токмакова в изучении губернии, Псковское археологическое общество на заседании 11 сентября 1888 года избрало Ивана Федоровича Токмакова в члены-сотрудники общества.
9-й выпуск «Сборника материалов для VIII археологического съезда в Москве» поместил статью Токмакова «Псковская губерния и ее святыни (История, археология и статистика)», в которой под названием «Псков. 300 лет тому назад» давались извлечения из сочинения Иоанна Вундерера, путешествовавшего по России в 1589 году. Ее напечатали и в двух номерах «Псковских губернских ведомостей» 16 и 23 декабря 1889 года, а в следующем году издали отдельной брошюрой.
Токмаков откликнулся и на 700-летнюю годовщину обретения мощей святого благоверного князя Всеволода-Гавриила, широко отмечавшуюся в Пскове 27 ноября 1893 года, поместив статью о нем в «Псковских губернских ведомостях» (№ 46).
Токмаков, Иван Федорович.
Снятогорский монастырь : (Библиография и материалы) / Издание Псковского Археологического общества ; Токмаков Иван Федорович . - Псков : Типография Псковского губернского правления, 1887. - 87 с.