Александр родился 5 августа 1844 года в семье дьячка псковской церкви св. бессребреников и чудотворцев Космы и Дамиана с Примостья Егора Тимофеевича Лебедева. Родители Александра скончались рано. Александра определили в Псковскую духовную семинарию на полное казенное содержание и причислили к сиротствующим запсковской Варлаамовской церкви.

Из аттестата Александра Лебедева, копия которого хранится в Госархиве Псковской области, видно, что в семинарию его приняли в 1859 году, а в июле 1865 года он сдал выпускные экзамены. «При способностях очень хороших, прилежании постоянном и поведении весьма хорошем» ему вывели в аттестате 7 оценок «хорошо» и 18 оценок — «очень хорошо» и «весьма хорошо». Поэтому правление семинарии причислило Александра Лебедева к первому разряду воспитанников семинарии и возвело в степень студента. Однако, вероятно, материальное положение не позволило ему воспользоваться правом поступления в духовную академию. Более того, назначение на службу в епархии он не получал более четырех лет (может быть, потому, что не спешил жениться) и по-прежнему числился среди сиротствующих при Варлаамовской церкви.

Аттестат из семинарии Лебедев взял только 3 сентября 1869 года и 23 ноября был рукоположен в священники Старо-Вознесенского женского монастыря. Там он прослужил более шести лет. 21 апреля по прошению его перевели настоятелем Варлаамовской церкви. За 42 года служения священником на него возлагались многообразные обязанности. 9 лет, с января 1870 года, он состоял увещателем при Псковском окружном суде. Местное духовенство избирало его в комиссию по устройству общежития при Псковском духовном училище (1882—87 гг.) и членом правления этого училища (1883—86 гг.) и семинарии (с августа 1908 г.). С августа 1884 года Лебедева привлекли к работе в Псковской духовной консистории: 12 лет он был ее сверхштатным членом (без жалованья), а 10 лет (до июля 1906 года) состоял в ее штате. В 1900—1906 годах он был членом особого комитета в помощь начальнице Ильинской общины сестер милосердия по заведованию хозяйством. И января 1908 года его назначили почетным председателем Псковского епархиального свечного завода по делам богадельни при этом заводе.

6 ноября 1895 года в Пскове торжественно праздновали 400-летие построения каменного здания Варлаамовской церкви вэамен ранее существовавшего деревянного. К этому времени Александр Лебедев составил обстоятельную брошюру по истории «своего» храма. Авторитетный псковский краевед И. И. Василев принял участие в ее подготовке. В частности, он отредактировал приложенную к брошюре «Повесть о прихождении Свейского короля Густава Адольфа ко граду Пскову». Ее рукопись была обнаружена незадолго до этого в Варлаамовской церкви. Брошюра была издана Псковским археологическим обществом.  14 марта 1896 года священника Александра Лебедева наградили саном протоиерея.