Сын священника, Мурзакевич воспитывался в Смоленской духовной семинарии и Московском университете по нравственно-политическому отделению; был профессором русской истории в Ришельевском лицее г. Одессы, позже директором того же Лицея. Разъезжая по южной России, Николай Никифорович занимался ее историей, археологией и этнографией, производил раскопки, рылся в местных архивах и т. п. К числу его счастливых находок в архивах относятся Псковская судная грамота (изд. 1847 и 1869), подлинные письма царевича Алексея Петровича (изд. 1849), несколько вариантов "Русской Правды", более подробные сведения о кончине преподобного Феодосия Печерского. Мурзакевич был основателем, секретарем и вице-президентом одесского общества истории и древностей российских. В "Записках" общества, выходивших под его редакцией, он поместил около 130 статей по нумизматике, истории и археологии. Много статей его напечатано также в "Журнале Министерства Народного Просвещения",  "Русском Историческом Сборнике", "Русской Старине", "Русском Архиве", "Известиях Императорской Академии Hayк" и других. Отдельные издания: "Descriptio nummorum veterum graecorum et Romanorum" (1835), "Перевод Аррианова Перипла Понта Евксинского, с коммент." (1836), "Географическая карта древних эллинских поселений при берегах Черного и Азовского морей" (1836), "История генуэзских поселений в Крыму" (1837; магистерская диссертация) и др. Доведенная им до 1852 г. автобиография помещена в "Русской Старине" за 1887, 1888 и 1889 гг.

 Псковская Судная грамота, составленная на вече в 1467 году. Издана по списку, хранящемуся в библиотеке  князя Михаила Семеновича Воронцова/ [предисл. Н. Мурзаркевича]. - Одесса:  Городская  типография, 1847. - IX, 18, 6 с., 1 л. факс.